本疾病多数呈急性起病，有时为亚急性。本组疾病一般预后较好。根据不同的报道病死率为0%~30%平均为10%。多数病例经过治疗后病情好转有不少病例，虽症状严重呈深昏迷去皮质状态，但急性期后恢复迅速后遗症轻微。约有10%复发，复发与首发可间隔数周到数月复发时的临床表现与初发时基本相同。推测可能是在恢复期病毒潜伏于脑内一定部位当机体抵抗力降低时，病毒再趋活跃有的病例发生新的病灶则提示多发性硬化的可能可遗留程度不同的神经衰弱综合征智能障碍、运动及言语障碍、抽搐发作行为障碍及人格障碍持续数月至数年之久。

单纯疱疹脑炎较非单纯疱疹脑炎的预后差，有报道前者的自然病死率为70%，采用阿糖腺苷治疗的病死率为40%。瑞典有报道，用阿昔洛韦治疗6个月内病死率仅19%。

散发性脑炎的预防关键在于早期诊断、早期治疗提倡科学养生，有劳有逸张弛有度有了感冒就要休息，不提倡过劳带病坚持等不科学的方法对待疾病。平素锻炼身体鵻，增强体质，提高自身免疫力，儿童要按规定接受预防注射。