潜伏期10天左右，其长短与感染菌量有关，食物型暴发流行可短至48小时，而水源性暴发流行时间可长达30天。典型的伤寒自然病程为时约4周，可分为4期：

初期：相当于病程的第1周，起病大多缓慢，发热是最早出现的症状，常伴有全身不适，乏力，食欲减退，咽痛与咳嗽等。病情逐渐加重，体温呈阶梯形上升，于5～7天内达39～40℃，发热前可有畏寒而少寒战，退热时出汗不显著。

极期：相当于病程的第2～3周，常有伤寒的典型表现，有助于诊断。

缓解期：相当于病程的第3～4周，人体对伤寒杆菌的抵抗力逐渐增强，体温会出现波动并开始下降，食欲逐渐得好转，腹胀也会逐渐消失，脾大开始回缩。但本期内有发生肠出血或肠穿孔的危险，需要特别的提高警惕。

恢复期：病程的第4周末开始，体温恢复正常，食欲好转，一般在1个月左右完全的恢复健康。